Hav

Stockholms läns havsområden har mycket varierande miljöförhållanden på grund av länets geografiska läge i norra Östersjön, nära Bottenhavet. Miljöförhållandena varierar också till följd av de fysiska förutsättningarna. Sprickdalslandskapet har gett oss en vidsträckt skärgård och genom Mälarens mynning tillförs stora mängder sötvatten. Sammanlagt finns omkring 1000 mil strand och kustvattenmiljön är ungefär lika stor till ytan som länets landdelar.

Länets kustvatten har på grund av läget och de fysiska förutsättningarna stora gradienter i salthalt från söder till norr och från väster till öster men också i vertikalled. Skillnaderna i salthalt från norr till söder beror på att sötare vatten från Bottenhavet förs ned utefter länets kust och gradvis blandas upp med det saltare östersjövattnet. Skillnaderna i öst-västlig riktning och i vertikalled beror till stor del på utflödet av sötvatten från Mälaren. Sett i ett Östersjöperspektiv, och till stor del även globalt, är Stockholms innerskärgård ett till egenskaper och storlek unikt estuarieområde där sötvatten möter bräckt havsvatten. De miljöer som finns där har få motsvarigheter på andra håll.

Utöver dessa naturliga förutsättningar påverkas förhållandena också påtagligt av storstaden Stockholm liksom av mänsklig närvaro och aktiviteter i övriga länder runt Östersjön. Det finns också en hel del "gamla synder", det vill säga kemiska ämnen som lagrats upp i Östersjöns bottensediment. Dessa kan vid speciella förhållanden frigöras och på nytt komma i omlopp. Alla dessa faktorer sammantaget påverkar både vattenkemi och levande organismer.

Biologi
Undervattensvegetation
Länets kustområde har sedan lång tid tillbaka varit utsatt för en hög näringstillförsel. Det har medfört att vattnet blivit grumligare på grund av en ökad mängd plankton och partiklar. Detta är orsaken till att flertalet algbälten har dragit sig närmare ytan för att få det ljus de behöver för att kunna växa. Det innebär bland annat att det fysiska levnadsutrymmet för många djurarter som lever i algbältena har krympt. Under de senaste åren finns tecken på en viss bättring.

De ökade närsaltsmängderna har också medfört att mängden trådformiga grön- och brunalger har ökat. Grönslick är en grönalg av Cladophora-släktet och utgör den ofta vackra gröna bården närmast vattenytan och ner till 0,5 meters djup. De fintrådiga brunalgerna domineras av släktena Pilayella och Ectocarpus. Dessa alger lossar till stora delar från underlaget i början på sommaren. De sammanförs till stora algmattor som långsamt förs av vågor och strömmar ner mot djupare bottenområden under gradvis nedbrytning. Ofta uppstår lokal syrebrist vid nedbrytningen, vilket kan ta död på många bottenlevande djur.

På djup större än cirka 0,5 meter i områden där salthalten överstiger fyra promille, det vill säga oftast i mellanskärgården och i ytterskärgården, ska normalt blåstång bilda stora bälten/skogar. På grund av för mycket närsalter i vattnet är de numera ofta övervuxna av bruna trådalger och får därför inte tillräckligt med ljus och näring. Detta påverkar också livsförhållandena för olika djurarter som till exempel musslor, kräftdjur och fiskar.

Bottenlevande djur
Regelbunden miljöövervakning av mjukbottenfauna bedrivs nu i samarbete med den nationella miljööverkningen. Provtagning har påbörjats vid ett antal stationer i mellan- och ytterskärgårdsområdet öster om provfiskeområdet vid Lagnö. Mjukbottenfauna undersöks också på djupare bottnar inom det så kallade samordnade recipientkontrollprogrammet för stockholmsrecipienten. Det utförs av Stockholm Vatten AB. Undersökningar utförs även inom ramen för recipientkontrollprogrammen för Hallstaviks pappersbruk och för Himmerfjärdsverket.

Generellt kan sägas att situationen är ansträngd för bottendjuren i områdena närmast utsläppskällorna. Orsakerna är delvis dåliga syreförhållanden som följd av en hög belastning av näringsämnen. Det kan också vara resultat av en allt för hög belastning av andra ämnen, som olika organiska miljögifter och metaller. Detta kan till exempel orsaka reproduktionsstörningar eller utslagning av bottenfauna. Syreförhållandena i bottenvattnet i många djuphålor ute i skärgårdsområdet har försämrats i under 1900-talets lopp. Detta har haft stor effekt på mjukbottenfaunan.

Ett exempel på att en främmande art lyckats etablera sig i länet är havsborstmasken Marenzelleria neglecta. Under slutet på 1990-talet har den snabbt kommit in och tagit en plats i mjukbottenfaunan. Vilka effekter det kommer att ha på övrig bottenfauna är ännu inte känt. Ett antal andra främmande arter har också fångats i länets kustvatten, som till exempel röd pungräka (Hemimysis anomala) och rovvattenloppa (Cercopagis pengoi).

Fisk
Övervakning av fiskbestånd i Stockholms läns kustvatten har under en längre tid endast utförs regelbundet i vattnen kring Muskö av Fiskeriverkets Kustvattenlaboratorium. Från och med hösten 2002 har övervakning av kustfiskbestånd bedrivits i området mellan Yxlan och Blidö och norra Ljusterö, provfiskeområde Lagnö. År 2005 började övervakning av fisk också i området kring Askö - Fifång vid gränsen mot Södermanlands län. De senare övervakningsfiskena är delar av ett samordnat provfiske för miljöövervakning mellan länsstyrelser från Södermanland upp till Norrbotten och Fiskeriverkets Kustvattenlaboratorium i Öregrund. Fler länsstyrelser söderut är på väg in i samarbetet.

Resultaten av provfiskena i länet till och med 2006 uppvisar en mindre enhetlig bild. Vid Lagnö är trenden att fångsterna minskar som helhet. Undantag är gärs. Vid Muskö och Askö-Fifång syns en positiv trend för provfiskena som helhet.  Vid Muskö visar flera bottenfiskar en positiv trend. Vid Askö-Fifång består den positiva trenden mest i en kraftig uppgång för abborre. Som helhet skiljer sig utvecklingen i de olika provfiskeområdena en hel del.

I samband med att fredningsområden för fisk infördes på flera håll i länet år 2004 påbörjades också en övervakning av effekterna av dessa fredningsområden på fiskrekryteringen.

Inom den nationella miljöövervakningen tas bland annat miljögiftsprover på strömming som fångas vid Landsort.

Fågel
Fågelbestånden i länets skärgårdsområden genomgår normalt tydliga förändringar med tiden. För att följa utvecklingen och för att kunna upptäcka onormalt stora förändringar utför Skärgårdsstiftelsen årliga inventeringar av vissa kustfågelpopulationer. Under år 2002-2003 utfördes en större inventering av de flesta fågelpopulationerna i skärgårdsområdet. Denna typ av inventering har bara genomförts en gång tidigare (1974-1975) och kommer framöver bara att genomföras med långa tidsintervall. Detta ger möjlighet att följa utvecklingen för fler arter än vad de årliga räkningarna täcker in. Dessa fågelräkningarna utförs i samarbete med Sveriges Ornitologiska Förening.

Säl
Naturhistoriska riksmuséet räknar årligen antalet gråsälar på Svenska Björn i havsbandet. Det är en bra indikator på hur gråsälsstammen i Östersjön förändras. Sälarna räknas även på andra håll inom Östersjöområdet.

Miljöövervakningsprogram i kust- och havsområdet
Utöver de av Länsstyrelsen drivna programmen som presenteras ovan sker också ett arbete inom Svealands Kustvattenvårdsförbund (SKVVF) med att få till stånd en ökad samordning av miljöövervaknings- och recipientkontrollprogram för kust- och havsmiljöerna i Stockholms, Södermanlands och Uppsala län. Programmet ska komplettera dagens recipientkontroll och också vara utformat så att det möter de krav som EG:s Ramdirektiv för vatten ställer. Nu arbetar SKVVF med att utöka samordningen av de pågående recipient- och miljöövervakningsaktiviteterna i olika delar längs Svealandskusten. Arbetet bygger vidare på redan pågående mätaktiviteter och att starta nya där sådana fattas. Syftet är att öka kvaliteten i mätningarna och öka samordningen mellan de program som löper så att datakvaliteten höjs och en samordnad bild av miljötillståndet kan nås för regionen. Förbundet erbjuder verksamhetsutövare som är medlemmar möjlighet att se över sina mätprogram eller att bistå dem med att ta fram helt nya program.

Som en del i detta bedriver Svealands Kustvattenvårdsförbund sedan år 2001 årliga, så kallade synoptiska, provtagningar under sommaren där merparten av Svealands kustvattenbassänger besöks. Resultaten från dessa, och även  vissa andra kustprovtagningar, har utgjort viktiga underlag i framtagningen av bedömningsgrunder för kustvatten samt för klassificeringen av tillståndet i regionens kustvatten.